环境审核的主要步骤分为五步：

第一步：确定审核目的和审核范围：环境管理体系审核的目的在于对照环境管理体系审核准则中的要求来判断以下几项事项：

①衡量受审核方环境管理体系运行及符合情况；

②发现体系中可进一步改善的因素；

③评价组织内部管理评审是否能够保证环境管理体系的持续有效和适用。

第二步：确定审核准则：

①衡量ISO14001环境管理体系是否完善；

②环境管理体系的活动是否正确；

③实施情况是否良好；

④体系是否充分适合于组织的环境方针和目标。

第三步：收集信息并做出分析，以提供审核证据

第四步：判断审核证据是否符合审核准则（注意证据与结论有可能受时间、资源的限制而有局限性和不确定性）

第五步：提交审核报告，做出结论

颁发证书之后，表明企业已经按照ISO14000认证标准建立起了环境管理体系，证书的有效期为三年，在三年内，认证机构还要对企业进行监督审核，以确保企业有效实施已经建立起来的环境管理体系。三年期满之后，如果企业想继续获得证书，需要进行复审换证。